Sekolah pondok dikaitkan dengan parti politik beraliran Islam. Bagaimanapun terdapat segelintir pihak yang mengambil kesempatan untuk memasukkan unsur politik dalam pendidikan anak anak di sekolah pondok.
Bagi wakil pembahas negeri Kedah yang banyak sekolah pondok di dalamnya, Habib Ahmad Muhaiyuddin, sekolah pondok perlu diperkasakan oleh kerajaan untuk mengelakkan ianya disalahguna.
Beliau juga memohon agar rakyat tidak menyamakan institusi pondok dengan sikap kasar Menteri Besar Kedah waktu ini yang disalah anggap berasal dari pendidikan pondok.
"Sebagai warga Sik, daerah subur institusi pondok, saya suka bercakap berkenaan institusi pondok dan agama. Menteri Besar Kedah mai dari Sik. Dia terkenal sekarang bukan sebab hebat tetapi MB paling loklaq dok ada.
"MB ini bukan sekolah pondok. Dia lulusan sekolah sains di negeri kami. Loklaq bukan sebab sekolah pondok.
"Atas asas itu juga saya menyarakan agar kita memberi penekanan ke atas penddidikan sekolah pondok dan agama. Kita memperkasa sekolah pondok yang tumbuh macam cendawan lepas hujan, yang akhirnya menjadi masalah keciciran sekolah di kalangan pelajar kita tinggi.
"Oleh itu penting bagi kerajaan memberi bantuan kewangan ke sekolaj ini agar muridnya terbela," kata Ahmad.
Selain itu, beliau juga mengucapkan tahniah kepada Menteri Pendidikan Fadhlina Siddiq yang membawa pembaharuan dengan pelajar memulakan persekolahan diberi kelapangan untuk tidak terus belajar pada minggu pertama persekolahan.
"Tahniah kak Fadh yang memperkenalkan pembaharuan terbaik untuk anak kita. Esok hari pertama persekolahan di mana Kedah dan beberapa negeri akan memulakan sesi persekolahan. Anak kita sebelum ini kalau hari pertama dah ditekan, terpaksa memulakan sesi dengan belajar.
"Kementerian ubah, seminggu pertama anak kita diberi pendidikan yang tenang. Hari pertama mengajar diri mereka bagaimana berada di sekolah.
"Ini bukan hanya murid tetapi memberi perkara yang baik untuk guru guru. Kalau hari pertama nak mengajar, cikgu kena 2 - 3 hari bersedia awal. Jadi kita kena faham cikgu ni, mak bapak macam kita. Mereka kena pastikan keperluan anak mereka perlu disediakan awal," katanya lagi.